Annemarie Kalis is hoogleraar Filosofie van Geest en Cognitie, werkzaam binnen de groep Theoretische Filosofie. Haar expertisegebieden zijn filosofie van de psychologie (met name de thema's agency, normativiteit en redeneren), handelingstheorie, en philosophy of mind. In 2009 verdedigde ze een proefschrift over het fenomeen akrasia ofwel wilszwakte. In 2014 ontving ze een NWO-VENI subsidie voor een onderzoek naar de metafysica van psychologische attitudes, en van 2019-2024 coördineerde ze een NWO-VIDI project over de vraag hoe we het menselijk vermogen tot zelfcontrole kunnen begrijpen. Ze verdedigt een neo-Wittgensteiniaanse philosophy of mind en houdt zich sinds een paar jaar bezig met de ideeën van Gilbert Ryle over waarneming en redeneren.
Annemarie is sinds september 2025 departementshoofd van het Departement Filosofie & Religiewetenschap.