Het onderzoek van Johannes Bijlsma is vooral gericht op de strafrechtelijke bejegening van verdachten die een psychische stoornis hebben en op het deel van het strafrecht waarmee recidiverisico moet worden beteugeld ('risicostrafrecht'). In zijn promotieonderzoek heeft Johannes laten zien dat het Nederlandse strafrecht geen duidelijke regels kent voor de vaststelling van strafrechtelijke verantwoordelijkheid van de verdachte die een stoornis heeft en heeft hij een toetsingskader voor ontoerekenbaarheid ontwikkeld. In zijn meer recente onderzoek houdt hij zich bezig met de rechtsfilosofische grondslagen van het risicostrafrecht, de ontwikkeling van juridische normering ervan door (nieuwe) beginselen, mensenrechten, wet en jurisprudentie en de verhouding tot ontwikkelingen in de forensische psychiatrie, AI en neurowetenschappen. Ook heeft hij onder meer gepubliceerd over de voorwaarden voor oplegging van tbs, het voorwaardelijk sepot, terroristische misdrijven en stoornis en risicotaxatie en bewijsrecht. Daarnaast publiceert Johannes over onderwerpen op het terrein van het materi毛le strafrecht. In zijn onderzoek maakt hij gebruik van rechtsvergelijking en van inzichten uit de filosofie en empirische disciplines. Hij werkt regelmatig samen met deskundigen uit andere disciplines. Johannes is betrokken bij de onderzoeksprojecten (Universiteit Utrecht / Vrije Universiteit) en (Universiteit Bergen).
Johannes Bijlsma studeerde Nederlands recht aan de Rijksuniversiteit Groningen, met als specialisaties strafrecht en rechtsfilosofie. Van 2006 tot en met 2009 was hij advocaat. Daarna werkte Johannes bij de sectie strafrecht van de Vrije Universiteit, op het laatst als universitair docent. In 2012 was hij visiting scholar aan de Columbia 木瓜福利影视 in New York. Hij is in 2016 aan de VU cum laude gepromoveerd op een onderzoek naar de vraag onder welke voorwaarden de psychisch gestoorde verdachte van straf mag worden uitgesloten (ontoerekenbaarheid). Zijn proefschrift werd bekroond met de tweejaarlijkse voor een strafrechtelijk proefschrift dat getuigt van een bijzondere wetenschappelijke kwaliteit. Vanaf 2019 is Johannes verbonden aan het Willem Pompe Instituut en het Utrecht Centre for Accountability and Liability Law, waarvan hij per september 2022 programmaleider is. Johannes is bijzonder hoogleraar strafrechtsfilosofie (leerstoel Leo Polak) aan de Rijksuniversiteit Groningen. Zijn oratie Risicostrafrecht en rechtsorde is te vinden. Tevens is hij raadsheer-plaatsvervanger in het Gerechtshof Arnhem-Leeuwarden.