ľ¹Ï¸£ÀûÓ°ÊÓ

De belangrijkste biomoleculen van het leven, namelijk eiwitten, nucleïnezuren, koolhydraten en lipiden, functioneren vaak door zich aan elkaar te binden. In de afgelopen jaren heeft computationele structurele biologie aan belang gewonnen om de onderliggende mechanismen van biomoleculaire interacties te begrijpen, waarvoor een verscheidenheid aan computationele modellen is ontwikkeld. Docking is geconsolideerd als een van de meest populaire computationele methoden voor het bestuderen van biomoleculair associatie en is toegepast op een breed scala aan systemen. Bovendien maakt het docking veld steeds meer gebruik van experimentele informatie om de voorspellingen te verbeteren. Dit, algemeen bekend als integratieve modellering, is een krachtige benadering om structuren van biologische systemen te bepalen door een combinatie van experimentele en theoretische methoden.

Dit proefschrift behandelt drie hoofdonderwerpen, niet in volgorde van voorkomen: (1) Grofkorrelige en hybride benaderingen voor de integratieve modellering van grote proteïne proteïne en proteïne-nucleïnezuur complexen (Hoofdstukken 1, 3 en 4), (2) de gebruik van experimentele informatie bij dockingberekeningen met LightDock10, een andere dockingsoftware (Hoofdstuk 2), en (3) de integratieve modellering van membraangeassocieerde eiwitassemblages die LightDock en HADDOCK combineren (Hoofdstuk 5).

Hoofdstuk 1 geeft een overzicht van verschillende representatieve grofkorrelige / hybride benaderingen en parametrisatiestrategieën voor het modelleren van biomoleculaire complexen. Hoofdstuk 2 beschrijft de implementatie en het gebruik van experimentele informatie in de LightDock-dockingsoftware. Hoofdstuk 3 beschrijft de implementatie van een grofkorrelig dockingprotocol voor eiwit-eiwitcomplexen in de informatiegestuurde software HADDOCK, gebaseerd op het grofkorrelige krachtveld van MARTINI, en hoofdstuk 4 de uitbreiding ervan tot nucleïnezuren, inclusief specifieke overwegingen om rekening te houden met Watson-Crick-interacties. Het laatste hoofdstuk van dit proefschrift, Hoofdstuk 5, combineert verschillende van de ontwikkelingen beschreven in Hoofdstuk 2 en 3 tot een nieuw protocol voor de integratieve modellering van membraangeassocieerde eiwitassemblages, die notoir uitdagend zijn om experimenteel te karakteriseren en die tot nu toe weinig aandacht hebben gekregen. Het proefschrift eindigt met een sectie Conclusies en perspectieven.