ľ¹Ï¸£ÀûÓ°ÊÓ

Dit proefschrift richt zich op de detectie van pathogenen via celvrij DNA (cfDNA) Next-Generation Sequencing (NGS), een innovatieve technologie voor het opsporen van infecties. Pathogenen zoals bacteriën, virussen en schimmels kunnen ernstige ziekten veroorzaken, met name bij kwetsbare en immuun-gecompromitteerde patiënten. Een snelle en nauwkeurige identificatie van de verwekker is essentieel voor een gerichte en effectieve behandeling. Traditionele diagnostische methoden, zoals kweek of PCR, zijn vaak traag of onvoldoende gevoelig, vooral bij complexe infecties in immuun-gecompromitteerde populaties.
Genetische sequencing, en in het bijzonder cfDNA NGS, biedt mogelijkheden voor vroege en breed inzetbare detectie van ziekteverwekkers. Hierbij wordt cfDNA uit lichaamsvloeistoffen zoals bloed of longvloeistof geïsoleerd, geanalyseerd en vergeleken met bekende genetische profielen van micro-organismen. Dit proefschrift onderzoekt hoe deze technologie verder geoptimaliseerd kan worden, met aandacht voor zowel laboratoriumprocedures (zoals library preparatie) als geavanceerde computationele data-analyse.
In hoofdstuk 2 wordt cfDNA NGS toegepast bij immuungecompromitteerde kinderen met verdenking op schimmelinfectie. Verhoogde hoeveelheden Aspergillus fumigatus cfDNA werden met succes gedetecteerd, vooral in longvloeistof. Hoofdstuk 3 onderzoekt methoden om Aspergillus cfDNA verder te verrijken via fysieke DNA-kenmerken. In hoofdstuk 4 wordt de technologie toegepast bij pasgeboren veulens met sepsis, waarbij bacterieel cfDNA werd geïdentificeerd.
Dit proefschrift onderstreept het potentieel van cfDNA NGS als een snelle, gevoelige en niet-invasieve diagnostische tool voor infectieziekten, en biedt aanknopingspunten voor toekomstig onderzoek en klinische implementatie.